Zagrożenia abiotyczne są związane z działaniem czynników przyrody nieożywionej, takich jak: silne wiatry, opady atmosferyczne- śnieg, grad, mróz - szczególnie ten pojawiający się późną wiosną lub wczesną jesienią, susze wahania poziomu wód gruntowych.

Nadleśnictwo ze względu na swoje położenie narażone jest na huragany. Ostatni z wiatrów który, przeszedł w styczniu i w lipcu 2002 roku przez Puszczę Romincką spowodował straty w ilości 49 tys. m³ drewna. W wyniku tych zdarzeń, przy sprzyjających warunkach atmosferycznych (suche i ciepłe lata) nastąpił wzrost liczebności populacji szkodników wtórnych, głównie kornika drukarza.

Nadleśnictwo prowadzi ochronę przeciwpożarową, mająca na celu zabezpieczenia lasów przed najgroźniejszym żywiołem jakim jest ogień.

Podejmowane są działania, które mają na celu tworzenia jak największej odporności drzewostanów na oddziaływanie wiatrów i śniegu. Szkody wyrządzane przez te czynniki są usuwane.

Zagrożenia biotyczne pochodzą od organizmów żywych, czyli choroby drzew wywoływane przez grzyby i mikroorganizmy oraz szkody powodowane przez zwierzęta.

Szkody powodowane przez zwierzynę:

Szkody o znaczeniu gospodarczym wyrządzają:

jeleń – Cereus elaphus( L.),

łoś – Alces alces (L.),

sarna– Capreolus capreolus (L.),

zając– Lepus europaeus (Pall.),

dzik– Sus scrofa (L.),

żubr – Bison bonasus (L.),

bóbr – Castor fiber (L.) i inne.

W celu ograniczenia szkód nadleśnictwo podejmuje działania takie jak:

- zabezpieczanie chemiczne przed spałowaniem,

- zabezpieczanie chemiczne przed zgryzaniem,

- wykładanie drzew zgryzowych,

- grodzenie cennych fragmentów upraw.

Leśniczy podczas wykonywania szacunkowej oceny (raz w roku - kwiecień, maj) uznaje za szkody:

- spałowanie,

- zgryzanie, złamanie pędu głównego lub ogryzanie,

- czemchanie strzały,

- wyrwane drzewka,

- podtopienia drzewostanów przez bobry.

Szkody powodowane przez owady:

owady dzielimy na dwie podstawowe grupy:

Szkodniki pierwotne – to owady, które atakują drzewa zdrowe, nieosłabione.

Szkodniki wtórne – to owady, które zasiedlają drzewa chore, osłabione, odchodzące na drugi świat.

W celu przeciwdziałania powstawania szkód wyrządzanych przez owady nadleśnictwo wykonuje:

-wywieszanie pułapek feromonowych,

- kontrolę występowania i zwalczania szeliniaka sosnowego (Hylobius abietis), który jest szkodnikiem występującym w starszych uprawach i młodnikach.

- kontrolę zapędraczenia gleby( szkółki, teren do zalesień, odnowień),

- transekt,

- kontrole liczebności motyli miernikowców (październik),

- zbiory bukietów do hodowli wazonowej (luty/marzec),

-jesienne poszukiwania szkodników pierwotnych sosny,

-usuwanie drzew trocinkowych,

-pułapki klasyczne.

Zagrożenia antropogeniczne wywołane działalnością człowieka. Są to między innymi zanieczyszczenia środowiska, pożary.

Lasy Nadleśnictwa Gołdap położone są poza strefą stałego ujemnego oddziaływania przemysłu i z uwagi na zróżnicowanie siedliskowe cechują się wysoką odpornością na niekorzystne czynniki środowiska.       

Czynnikami wpływającymi na powstawanie pożarów lasu są:

- źródła ciepła o energii, która umożliwi zapłon materiału palnego,

- rodzaj materiału palnego – w zależności od składu gatunkowego oraz wieku drzewostanu.

- wilgotność pokrywy gleby,

- warunki meteorologiczne.

Obiektem działalności ochrony lasu jest ekosystem leśny, co znaczy, że dotyczy to wszystkich elementów składowych lasu takich jak np. ściółka, drzewostan, fauna itp. dlatego jest to jeden z ważniejszych działów gospodarki leśnej.

Według Instrukcji ochrony lasu ochronie elementów składowych lasu obowiązują zasady:

a) profilaktyka - inaczej jest to zapobieganie powstawania gradacji szkodliwych owadów i chorób;

b) holistyczne – oznacza całościowe podejście do ochrony ekosystemów leśnych;

c) objęcie większych układów przestrzennych systemową ochroną (np. ekosystemów, fizjocenoz itp.)

d) ochrona różnorodności biologicznej;

e) pozostawianie do naturalnego rozkładu określonej masy martwych drzew i ich fragmentów;

f) korzystanie z aktualnej wiedzy wielu dyscyplin naukowych takich jak entomologia, fitopatologia, hodowli itp. przy przygotowywaniu programów ochrony ekosystemów leśnych;

g) minimalizowanie szkód ekologicznych, które mogą wystąpić na skutek wykonywania zabiegów ochronnych;

h) stosowanie integrowanej ochrony roślin;

i) uwzględnienie gospodarczych szkód i strat w podejmowaniu decyzji, które mogłyby powstać, gdy dany zabieg ochronny nie został wykonany.